清洗消毒時，要先關閉進水閥門等閥門，將水箱中的水通過排水管排凈。清洗消毒人員遵循先池頂后底，由里向外的原則，對水箱進行清刷除垢。洗刷和檢查完畢，開排水閥或啟動潛水泵，排盡污水并用清水沖清，關閉排水閥或潛水泵。用已配成消毒液對內壁自上而下，由里向外，均勻地噴涂箱(池)壁表面，可涂刷至入孔口，退出箱(池)，蓋上孔蓋。

水箱清洗時間問題。小區用水體量未知，兩個連通水箱體積未知，清洗周期長度，甚至水箱材質和內部是否拉筋固定情況、人員工具清洗程度都有影響，所以說不好。兩個水箱是可以通過閥門調節從而實現不間斷供水的清理水箱的。或者管路留有旁通的話，起碼區的水（一般1-6層）是可以保證的。人員如果想驗證的話通過水箱頂板人孔查看，或者排污口。

生活飲用水水箱應每年至少進行一次或兩次徹底清潔、消毒和水質檢查。二次供水水質經衛生行政部門認可的檢驗機構檢驗合格后方可使用。從事水箱清洗消毒的單位必須取得當地政府衛生行政部門的衛生許可證，方可從事清洗消毒工作；生活水箱管道送水人員必須每年進行一次健康檢查和健康知識培訓，合格后方可上崗；保持生活水箱周圍的環境清潔，并與有毒場所或污染源保持規定的距離。

生活水箱水池需要定期清洗，否則會影響水質。清洗次數基本上一年兩次，特殊情況下可以增加清洗次數。清洗公司清洗完畢后，應支付二次水箱清洗費用，水樣送具有“檢驗資質”的機構進行檢測，并出具檢測報告，確認清洗后的水質符合國家生活用水標準。關閉主進水閥，關閉水箱之間的連通閥，清洗二次水箱，打開排水閥，排出水箱中的水。