主要原因是，合成反應每步產率比較低，不到 95% 。而通常固相合成反應每步的產率在 99% 以上。因此，探針的長度受到了限制。而且由于每步去保護不很，致使雜交信號比較模糊，信噪比降低。為此有人將光引導合成技術與半異體工業所用的光敏抗蝕技術相結合，以酸作為去保護劑，使每步產率增加到 98% 。原因是光敏抗蝕劑的解離對照度的依賴是非線性的，當照度達到特定的閾值以上保護劑就會解離。所以，該方法同時也解決了由于蔽光膜透光孔間距離縮小而基因芯片引起的光衍射問題，有效地提高了聚合點陣的密度。另據報導 ，利用波長更短的物質波如電子射線去除保護可使點陣密度達到 1010/cm2 。

2.生物學意義分析

主要指通過分析芯片雜交數據，研究差異表達基因的生物學意義。通常，在芯片中某一或發育時期可能有成千上萬個差異表達基因。例如，基因芯片分析植物根部可能有400多個特意表達的基因，如果要將這些基因的來龍去脈都搞清楚，可能要追溯超過4000篇以上的文獻(假設1個基因需要查閱10篇文獻)。這種不撿重點的方法耗時耗力，所獲得的結果也往往沒有意義。

微陣列（Microarray）芯片以高密度陣列為特征。其基礎研究始于20世紀80年代末，本質上是一種生物技術，主要是在生物遺傳學領域發展起來的。

微陣列分為cDNA微陣列和寡聚核苷酸微陣列.微陣列上'印'有大量已知部分序列的DNA探針,微陣列技術就是利用分子雜交原理,使同時被比較的標本(用同位素或熒光素標記)與微陣列雜交,通過檢測雜交信號強度及數據處理,把他們轉化成不同標本中特異基因的豐度,從而比較不同標本的基因表達水平的差異.微陣列技術是一種探索基因組功能的有力手段.