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LncRNA芯片
Long non-coding RNAs(lncRNAs)是一類轉(zhuǎn)錄本長度超過200 nt的功能性非編碼RNA分子。分子實驗介紹——印跡(Westernblot)檢測通過SDS-PAGE凝膠將細胞或生物樣品內(nèi)的蛋白按照蛋白分子量從大到小規(guī)律分離開。目前的研究已證實,lncRNA參與X染色體沉默,基因組印記以及染色質(zhì)修飾,轉(zhuǎn)錄ji活,轉(zhuǎn)錄干擾,核內(nèi)運輸?shù)榷喾N重要調(diào)控過程。隨著對lncRNA在哺乳動物進化及人類疾病發(fā)生和發(fā)展中作用的日益關(guān)注,lncRNA調(diào)控機制已成為當前遺傳學研究的熱點問題。
篩選出差異表達的lncRNA是研究其在人類疾病發(fā)生中所扮演角色的基礎(chǔ)。富衡生物為用戶提供高通量的lncRNA芯片進行l(wèi)ncRNA表達譜分析,該芯片基于Agilent的SurePrint技術(shù)生產(chǎn),實驗。
技術(shù)優(yōu)勢
信息覆蓋廣泛:覆蓋了多個quan威lncRNA數(shù)據(jù)庫發(fā)布的數(shù)據(jù);提供人,小鼠,大鼠的lncRNA檢測。
lncRNA和mRNA同時檢測:芯片上包含有的lncRNA和新的mRNA序列檢測探針。一次芯片實驗可同時對lncRNA和mRNA進行分析。
平臺成熟可靠:采用Agilent原位噴墨合成技術(shù),了高檢測靈敏度和特異性。
數(shù)據(jù)分析:提供lncRNA和mRNA表達譜差異分析和功能分析,以及二者的關(guān)聯(lián)分析。
lncRNA測序
長鏈非編碼RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指長度大于200 nt的RNA,位于細胞核內(nèi)或胞漿中,不參與蛋白質(zhì)編碼功能,以RNA形式在多種層面上(表觀遺傳調(diào)控、轉(zhuǎn)錄調(diào)控以及轉(zhuǎn)錄后調(diào)控等)調(diào)控基因的表達水平,在生命活動中具有重要作用。他們的結(jié)果表明,NimbleGen平臺作為一個使用高密度重疊探針的平臺,盡管覆蓋了較少的基因組區(qū)域,但在靈敏檢測小的變異時所需的測序量也少。
長鏈非編碼RNA測序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一種使用特定方法降低樣本中rRNA 的豐度,對富集到的 RNA進行文庫構(gòu)建,再對高通量測序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)進行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性獲得樣本中全部的lncRNAs信息,對lncRNAs的類別、功能進行的深入分析,從而快速準確地獲得與特定生物學過程(例如發(fā)育、疾病等)相關(guān) lncRNA信息。據(jù)估計,在人類基因組中,大約每千個堿基中有一個SNP,無論是比較于度多態(tài)性(RFLP)分析還是微標記(STR),都要廣泛得多。
線粒體測序
線粒體是真核生物的重要細胞器,是生物體的能量工廠,參與能量代謝、信號轉(zhuǎn)導、細胞凋亡等許多生命活動,對生物的生理活動起著至關(guān)重要的作用。大部分線粒體基因由于其母系遺傳特性以及進化速率較快等特點,被廣泛地用于種群遺傳學、進化生物學、譜系地理學和系統(tǒng)發(fā)育學、疾病診斷等學科領(lǐng)域。線粒體全基因組在生物進化的研究中具有的優(yōu)勢。由于線粒體有著與真核生物長期共生的進化歷史,因此其基因組包含了反映物種進化的關(guān)鍵信息,同時,相對于核基因組,線粒體基因組小,容易對大量物種進行橫向的比較分析,有利于生物進化的研究,因而受到進化生物學家的鐘愛。線粒體的組成可以從兩個層面上反映物種及群體的遺傳和進化,即核酸序列組成和基因組的結(jié)構(gòu)特征,兩者的特征具有不同的進化機制和進化速度,在進化生物學研究中可以很好的互補。(3)在PCR儀上進行熱變性(95C2min),冰中驟冷,待_上機。
單細胞測序(英語:Single cell sequencing)采取優(yōu)化的下一代DNA測序技術(shù)(NGS)檢測單細胞的序列,可以獲得特定微環(huán)境下的細胞序列差異以方便研究其功能差異等。對個體細胞的DNA測序可以幫助我們了解例如在中的小范圍細胞的變異;,溫度升高會使蛋白質(zhì)變性失活,因此,基于這一點考慮提取蛋白質(zhì)和酶時一般采用低溫(5度以下)操作。對其進行RNA測序可以幫助我們了解和鑒別不同的細胞類型與其表現(xiàn)的基因,對研究發(fā)育生物學等有較大裨益。
分離單細胞
在全基因組擴增和測序前,有很多方法可以分離細胞個體,其中流式細胞術(shù)(FACS)較為常用。個體細胞可以用顯微操作來收集,這樣較為快捷而且成本較低,但是比較有技術(shù)難度,而且顯微鏡下對細胞的錯誤分類容易影響實驗結(jié)果。激光捕獲顯微切割技術(shù)(LCM)亦可以用來收集單細胞。但是盡管激光捕獲顯微切割可以保留樣本細胞在組織中的空間位置,但是捕獲單細胞的時候容易連帶周圍細胞的物質(zhì)。高通量的細胞個體分離還可以使用微流控技術(shù)。微流控技術(shù)和流式細胞技術(shù)都能準確而自動地分離無偏樣本。但是,兩種方法都要求首先將細胞從其為環(huán)境中脫離,因此可能在RNA表達分析中造成對轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)的干擾。以目標蛋白質(zhì)3個重復具有相同趨勢,目標蛋白質(zhì)相鄰位點的相對一致性,至少2個重復有2倍以上差異作為判定差異表達蛋白質(zhì)的標準。