在發動機啟動后，仔細觀察排氣管排出的煙色和傾聽發動機的聲音，當確認發動機工作正常后，在離合器狀態時，選擇適當的檔位，再結合離合器，耕作機具開始轉動，可進行田間作業正常工作，千萬不要在離合器結合狀態下強行掛檔，否則就會打爛傳動箱齒輪，造成不必要的損失。若離合器分離不清，必須先進行調整，直到離合器能分離清時才能掛檔。

耕深度調整取出阻力棒銷子，改變阻力棒上下連接孔位，就能調整耕作深度，銷子穿入阻棒上面的孔，阻力棒降低，耕深就加大，銷子穿入下面的孔，阻力棒升高，耕深就減小。有的機器是用螺栓來調整阻力棒的高度，調整時，先松開螺栓，把阻棒調整到需要的位置，再擰緊螺栓即可。選擇配套作業機具，根據土壤情況，選擇合適的機具冬水田耕作選用水田輪，旱地耕作選用旋耕刀（若地里雜草多而深，應選用割草型機具），旱地改水田，遍用旋耕刀或復合刀，第二遍用水田輪，耕作機具與微耕機動力輸出軸的連接處必須（穿好軸銷及彈性銷）。在安裝時要特別注意左右的區別，千萬不能裝反。

這里主要分為兩種，一種是風冷微耕機，該種類型的微耕機要經常檢查風扇完整、無變形、進風口無雜物。一種是水冷微耕機，該種類型的微耕機應采用含鈣量較小的軟水（依次為：雨、雪、河、蒸餾水）以防水垢過多影響散熱。此外在工作中水箱要保證有足夠的冷卻水，若發現缺水要漸進的加入備用水，以防加冷水過多損壞缸體。冬季作業完成后待機溫降到20度時將冷卻水放干，以防凍壞機體。